Onderzoeksproject Surface imprinted polymeren technologie en nanopore sequenering voor point of care voedingsmicrobiologische analyse
Algemeen kader
SIPORE heeft als doel om 'surface imprinted polymers' (SIP) biosensors te verkennen en testen in combinatie met een draagbaar nanopore DNA sequentie systeem (MinION) voor on-site detectie van microbiële aanwezigheid in de agrifood industrie. De twee technologieën, SIP en whole genome nanopore sequencing, zijn veelbelovend voor 'on-site' detectie en karakterisatie van voedselpathogenen en voor monitoring van starter cultuur stammen.
Onderzoeksaanpak
In deze studie zullen SIP-chip coatings gesynthetiseerd worden via (i) zachte lithografie stempeling en (ii) elektropolymerisatie voor de selectieve detectie van Listeria monocytogenes, Salmonella Enteritidis en Typhimurium, Lactobacillus plantarum en Bacillus cereus. Daarenboven zal het gebruik van het draagbare ‘whole genome’ nanopore sequeneringssysteem voor stamkarakterisatie op subspecies niveau (Salmonella en L. monocytogenes) geëvalueerd worden door benchmarking tegen Illumina sequenering. Tenslotte zal het potentieel om SIP biosensors te gebruiken als initiële screening en selectie stap voor downstream MinION subspecies typing onderzocht worden.
Relevantie/Valorisatie
SIPORE zal de basis leggen voor toekomstige applicatie-georiënteerde ontwikkelingen van SIP biosensors en draagbare DNA sequeneringstoestellen. Dit zal agrifood bedrijven in staat stellen om zelf ‘on-site’ microbiële analyses uit te voeren tot op een niveau dat tot vandaag nog niet mogelijk is en inzicht te krijgen in bronnen en routes van pathogenen. Microbiële analyses zijn essentieel voor deze bedrijven en hun belang neemt toe. Dit is het gevolg van de steeds strengere voedselveiligheidsreglementeringen in de EU, export vereisten, extralegale specificaties in lastenboeken en de introductie van ‘whole genome sequencing’ bij controle instanties waardoor voedseluitbraken beter opgespoord kunnen worden.
Financiering
VLAIO
