Onderzoeksproject Inventarisatie en validatie van kwaliteitsprocedures voor nucleïnezuurextracties in functie van diagnose
Algemeen kader
Elk laboratorium voor plantengezondheid gebruikt voor zijn diagnostische toetsen verschillende DNA- en RNA-extractiemethoden, afhankelijk van het organisme, het doel van de test, maar ook bijvoorbeeld de matrix. Ook de markt voor commerciële kits blijft snel groeien. Dit project pakt een specifiek knelpunt aan: het opstellen van richtlijnen rond controleprocedures voor de extractie van nucleïnezuur, in functie van diagnose van ziekten en plagen.
Onderzoeksaanpak
We maken eerst een complete inventaris van gebruikte methoden en protocols in de diverse plantengezondheiddslabs. Meer dan 30 labs nemen deel aan dit project. De inventaris vullen we aan via een desktopstudie. We maken vervolgens een selectie van de theoretisch meest optimale protocols. Eventueel voeren we een beperkte bijkomende validatie uit. Met de geselecteerde protocols houden we een vergelijkende studie, een zogenaamde Test performance study. Uit deze resultaten halen we nuttige algemene richtlijnen.
Relevantie/Valorisatie
De geconsoliseerde optimale richtlijnen rond de controle op extractiewijze van nucleïnezuur is een meerwaarde voor de Nationale Plantenbeschermingsorganisaties (NPPO's) en voor de diagnoselaboratoria, omdat er richtlijnen ontstaan voor gebruik van controles voor RNA/DNA extractiemethoden voor de diagnostiek van plantpathogenen. Toepassing van meer vergelijkbare en gestandaardiseerde routinematige extractieprocedures voor RNA/DNA door diagnoselaboratoria is ook goed voor de betrokken landbouwers en handelaars, doordat er een betere detectie en een snellere opsporing van pathogenen mogelijk wordt. Dat betekent meer kans om tijdig in te grijpen en een mogelijke verspreiding te voorkomen.
