Onderzoeksproject Snelle risicobeoordeling van opkomende plantenvirussen met HTS
Valorisatie van HTS-data met het oog op een tijdige risicobeoordeling van gereglementeerde of opkomende plantenvirussen
Algemeen kader
High-throughput sequencing (HTS) is de afgelopen jaren een onmisbare technologie geworden binnen het onderzoek naar plantengezondheid, vooral in de plantenvirologie. HTS wordt vaak gebruikt als een brede, niet-doelgerichte screeningstechniek die naast bekende virussen in verwachte gastheerplanten ook minder gekarakteriseerde schadelijke virussen detecteert, zoals bijvoorbeeld in nieuwe gastheren, of zelfs totaal nieuwe virussen opspoort! Vooral voor de laatste twee categorieën zijn de fytosanitaire risico's onvoldoende of niet gekend, hoewel ze mogelijk aanzienlijke schade kunnen aanrichten. In veel projecten is er jammer genoeg geen tijd of budget om precies deze onverwacht gedetecteerde virussen en hun potentiële risico’s grondig te onderzoeken. Het VIRISK-project speelt hierop in. Het richt zich onder meer op drie van de meest zorgwekkende virussen: Physostegia chlorotic mottle virus (PhCMoV), potato yellowing virus (PYV) en tomato fruit blotch virus (ToFBV).
Onderzoeksaanpak
We stellen een inventaris op van zowel bekende, minder bekende, als onbekende virussen en hun beschikbare biologische informatie, gebaseerd op lopende of reeds voltooide HTS-screenings. We formuleren criteria om de virussen te identificeren die van belang zijn. Daarbij gebruiken we onder meer een eerder ontwikkeld ‘framework’ dat helpt bij het voorkeur geven aan bepaalde biologische karakteriseringsstappen als er nieuwe virussen worden ontdekt. PhCMoV, PYV en ToFBV dienen als testcases voor deze criteria en dit ‘framework’. Zij worden verder biologisch gekarakteriseerd door middel van bioassays en surveys. De resultaten van deze karakterisering worden opgenomen in de ‘pest risk analysis’ documenten, die beschikbaar zullen komen voor alle belanghebbenden.
Relevantie/Valorisatie
De virussen Physostegia chlorotic mottle virus (PhCMoV), potato yellowing virus (PYV) en tomato fruit blotch virus (ToFBV) zijn geselecteerd vanwege hun opkomende status en potentiële impact op gewassen in onze regio. Daarnaast is er ook een volledige of gedeeltelijke karakterisering te verwachten over andere belangrijke virussen Dit onderzoek vergroot onze kennis van opkomende zorgwekkende virussen aanzienlijk. De gestandaardiseerde criteria en het ontwikkelde ‘framework’ worden wellicht ook in de toekomst verder nuttig aangewend. Heel de plantaardige en natuursector is straks vermoedelijk beter in staat om de risico's van nieuwe of onvoldoende gekarakteriseerde virussen te beoordelen en te beheersen. Dit draagt bij aan de ontwikkeling van een wetenschappelijk onderbouwd beleid voor de beheersing van zorgwekkende virussen, wat zal leiden tot een effectiever risicobeheer en betere gewasbescherming.
Financiering
FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu
