Onderzoeksproject Snelle risicobeoordeling van opkomende plantenvirussen met HTS
Valorisatie van HTS-data met het oog op een tijdige risicobeoordeling van gereglementeerde of opkomende plantenvirussen - 2023-E-447
Algemeen kader
High-throughput sequencing (HTS) is de afgelopen jaren een onmisbare technologie geworden binnen de plantengezondheidsonderzoek en -diagnostiek, vooral in de plantenvirologie. HTS wordt vaak gebruikt als een brede, niet-doelgerichte virusscreeningstechniek die bekende virussen in verwachte gastheren detecteert, maar ook minder gekarakteriseerde pathogene virussen, bijvoorbeeld in nieuwe gastheren of zelfs totaal nieuwe virussen detecteert. Vooral voor de laatste twee categorieën zijn de fytosanitaire risico's onvoldoende of niet gekend, hoewel deze aanzienlijk kunnen zijn. In veel onderzoeksprojecten is er geen tijd of budget om precies deze onverwacht gedetecteerde virussen en hun potentiële risico’s grondig te onderzoeken. Het VIRISK-project speelt hierop in. Het richt zich onder meer op drie van de meest zorgwekkende virussen: Physostegia chlorotic mottle virus (PhCMoV), potato yellowing virus (PYV) en tomato fruit blotch virus (ToFBV).
Onderzoeksaanpak
We stellen dus een inventaris op van zowel bekende, minder bekende, als onbekende virussen en hun beschikbare biologische informatie, gebaseerd op lopende of voltooide HTS-screenings. We formuleren criteria om de virussen te identificeren die van belang zijn. Daarbij gebruiken we onder meer een eerder ontwikkeld ‘framework’ dat helpt bij het prioriteren van biologische karakteriseringsstappen als er nieuwe virussen worden ontdekt. PhCMoV, PYV en ToFBV dienen als testcases voor deze criteria en dit ‘framework’. Zij worden verder biologisch gekarakteriseerd door middel van bioassays en surveys. De resultaten van deze karakteriseringen worden opgenomen in de pest risk analysis documenten, die beschikbaar komen voor alle belanghebbenden.
Relevantie/Valorisatie
De virussen Physostegia chlorotic mottle virus (PhCMoV), potato yellowing virus (PYV) en tomato fruit blotch virus (ToFBV) zijn geselecteerd vanwege hun opkomende status en potentiële impact op gewassen in onze regio. Daarnaast is er ook kennisontwikkeling te verwachten over andere virussen van belang, met eveneens een gehele of gedeeltelijke karakterisering. Dit onderzoek vergroot onze kennis van opkomende zorgwekkende virussen aanzienlijk. De gestandaardiseerde criteria en het ontwikkelde ‘framework’ worden wellicht in de toekomst blijvend nuttig aangewend. Heel de plantaardige en natuursector is straks vermoedelijk beter in staat stellen om de risico's van nieuwe of onvoldoende gekarakteriseerde virussen te beoordelen en te beheersen. Dit draagt bij aan de ontwikkeling van wetenschappelijk onderbouwd beleid voor de beheersing van zorgwekkende virussen, wat zal leiden tot een effectiever risicobeheer en betere gewasbescherming.
Financiering
FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu
