Projectnieuws Screening van plantenvirussen aanwezig in planten van de nachtschadefamilie
Een niet-doelgerichte en dus heel brede ‘High Throughput Sequencing’-techniek beschikbaar maken voor screening van plantenvirussen, dat is het doel van project SEVIPLANT. Voor de ontwikkeling van deze tool richten de onderzoekers zich op Solanaceae (nachtschadefamilie), waartoe aardappel, tomaat, paprika en aubergine behoren. Het onderzoek draagt bij aan de inschatting van het risico op virsusschade in de land- en tuinbouw en aan internationaal beleid.
Brede virus-screening
De teelten van aardappel, tomaat, paprika en aubergine zijn belangrijk binnen de Vlaamse landbouwproductie, en dus kan een brede virus-screeningstechniek voor deze teelten meteen veel impact hebben. SEVIPLANT gebruikt de High Throughput Sequencing (HTS) techniek, die steeds meer toepassingen vindt in de wereld van diagnose, om een van de meest grootschalige viroom scanningsprojecten (> 15.000 stalen) te ondersteunen. De onderzoekers van ILVO, ULg en CRA-W willen via deze techniek een antwoord formuleren op de vraag “Welke virussen zijn aanwezig in voedings-, sier- en wilde Solanaceae in België?” Via sequencing van de aangetroffen virussen is het mogelijk voor de onderzoekers om de volledige genomen samen te stellen. Bedoeling is om telkens te kijken of het virus reeds beschreven is, of het gekend is in België en of de aanwezigheid ervan een risico vormt voor de plantengezondheid en onze land- en tuinbouwsectoren.
Biologische karakteristieken virussen
We testen, optimaliseren en standaardiseren verschillende protocollen met behulp van ‘High Throughput Sequencing’ (HTS) om zowel gekende als niet-gekende virussen in elke staal geïdentificeerd te krijgen. We focussen in het bijzonder op het gelijktijdig en dus meer efficiënt analyseren van meerdere stalen. Vanuit de verkregen genetische informatie van de aangetroffen virussen voorspellen we biologische karakteristieken van het virus. Met een selectie van virussen voeren we biotoetsen uit om het waardplantenbereik te bepalen (welke plantsoorten kunnen allemaal worden aangetast door het virus?). We identificeren de vectoren van de virussen (welke insecten, schimmel, mijt, of welk aaltje kan het virus van plant naar plant verspreiden ?). Deze aanpak laat ons toe om conclusies te trekken over het risico voor virusschade in onze land- en tuinbouwsector.
Internationale kennisuitwisseling
Dit onderzoek kan een significante bijdrage leveren aan de EU viroom karakterisatie, en aan een optimalisatie van het kader voor biologische karakterisatie. Bovendien draagt het onderzoek bij aan beter beleid inzake risicobeheersing binnen de plantengezondheid, en dat is van belang in de import en export van plantaardige producten. De onderzoekers verwachten dat er op korte termijn gevalideerde en internationaal via ringtesten geteste HTS protocollen voor aardappelvirustesten beschikbaar komen voor de Belgische diagnostische labs. Voor het eerst zal een correcte lijst gepubliceerd worden van virussen die Solanaceae infecteren in België. Voor de internationale kennisuitwisseling kan dit project preliminaire biologische karakteriseringsdata voor de nieuw aangetroffen virussen aanleveren. Er wordt gerapporteerd aan EPPO (European and Mediterranean Plant Protection Organization) en aan de EU.
Project: SEVIPLANT - Ondersteuning van de fytosanitaire risicoanalyse door het in kaart brengen van het ‘viroom’.
Looptijd: 2018 - 2021
Financiering: FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu
Samenwerking: ULG, CRA-W
